自己免疫性肺胞蛋白症にかかっても約20％の患者さんは自然に良くなって行きます。またおよそ半数の方は同じ状態が続きます。しかし残りの方は悪化するため先に挙げたような何らかの治療を考えていく必要があります。そのうち一部の方では、肺線維症といって肺が硬くなり縮んでいく状態になります。肺胞蛋白症が比較的軽いうちは肺炎などの感染症は必ずしも多くはありません。しかし、肺の線維化が進むと細菌や真菌による感染症を併発しやすくなり、かつ治りにくくなります。また気胸と言って肺から空気が漏れて肺が縮む状態になる恐れもあります。
